式中，GEP表示生态系统生产总值，EPV表示生态系统物质产品价值， ERV表示生态系统调节服务价值，ECV表示生态文化服务价值，EPi为第类生态系统产品产量，Pi为第i类生态系统产品的价格；ERj为第j类生态系统调节服务功能量，Pj为第j类生态系统调节服务功能的价格；ECk为第k类生态系统文化服务功能量，Pk为第k类生态系统文化服务功能的价格。
生态系统生产总值法（GEP）在贵州、河南、浙江、辽宁等地的实践中都取得了一定成果，但此方法技术性强，所需要的基础数据较多且获取难度高，部分服务功能量的评价模型和参数也未统一，结果的准确性和稳定性均有待提高。因此需要简化核算体系，重点突出不同生态系统中主要指标的权重和价值，以达到不断增强方法可操作性、提高方法准确度的效果。
在生态系统中，对于不同生态产品的利用，存在主次之分。因此，在生态产品价值核算过程中，难免会出现整体的生态产品价值往往不等于各个生态产品价值分量之和。为解决此问题，建议核算前期应充分研究被核算资源状况、生态产品利用状况等，确定主要生态产品和次要生态产品功能类别，同时结合实际情况，对主要生态产品提高重视程度，对次要生态产品价值进行相应折减。
生态产品价格形成机制中需要考虑产品的市场供需状况、竞争情况、市场溢价等，为使生态产品价格不受其他因素影响，并使替代产品更接近自然再生产过程，可综合考虑选择生态产品或替代产品的出厂价或成本价作为生态产品价格，尽可能减少社会经济活动中附加因素的价格干扰。
为了反映真正的生态产品价值，未来的研究应适当考虑生态系统为人类带来的负效益，并作减值计算。如在农田、城市生态产品价值核算过程中，可适当考虑城市中的花粉过敏、温室气体排放等负效益，使核算过程更加客观全面。
一是以GEP核算结果为依据确定生态补偿标准。结合核算考核工作，制定生态转移支付金标准，对在维持和提升区域GEP总量中做出突出贡献的区域给予生态补偿转移支付金，以补偿或奖励该区域对GEP的贡献；二是将GEP纳入生态补偿考核体系。将核算与现有绩效考核体系进行有机结合，吸取生态环境质量考核在相关基础数据的监测、报送等方面成熟经验，在实践中探讨如何进行协调应用。